Tato úloha je obecně vhodnější pro studenty se zkušenostmi se simulacemi biologických systémů, vhodným softwarem je např GROMACS.

Pokud chcete řešit v MACSIMUSu, zde je návod:

Pro simulace ve vakuu potřebujete "cookfree"

Příprava peptidu (příklad):
  makepept charmm21 ace A10 ct1 > ala10.che
Lze zkusit i jiná silová pole, charmm22 nebo gromos96
  ace = acetyl na N-konci
  ct1 = methyl na C-konci
  A10 = 10*ALA

Nesvinutá konformace:
  blend -c -p -g ala10.che
stisknout několikrát [SG] a pak [finish]

alpha-helix (pro kontrolu):
  blend -c -g -r6 ala10.che

Export topologie + silového pole:
  blend -o ala10 ala10

Příklad definičního souboru simulace:
------------ ala10.def ----------
  N[0]=1 ! 1 molekula
  rho=10 ! (pro nějaka nastavení)
  T=1000 ! teplota (počáteční)
  thermostat=1 tau.T=1 ! termostat, časová konstanta
  noint=60 h=0.1/noint ! cyklus, krok
  dt.prt=1  ! výstup do souboru po 1 ps
  dt.plb=1  ! zápis trajektorie po 1 ps
  ;
------------------------------

Inicializace (přímo):
  cookfree ala10 ala10a -s
a zadat
  init="random"
  no=10;
(skončí okamžitě)
  Ctrl-D

Výpočet - vytvořit soubor
------------ ala10a.get ----------
  T=200  ! koncová teplota
  tau.T=100 ! časová konstanta chlazení (simulované žíhání)
  init="start" ! pokračuje
  no=4000 ! protože cyklus = 0.1 ps, je toto 4*tau.T
  ;
------------------------------

Zadat simulaci:
  jsub -n ala10a cookfree ala10 ala10a

Po skončení prohlídnout ala10a.plb, např.
  show ala10a.plb
A průběh teploty, např.
  showcp -p5 ala10a Tkin

Asi se nepodaří dostat α-helix, ale pokud bude vypadat aspoň trochu dobře,
provést ještě jeden kratší běh a pak spočítat Ramachandranův diagram:
  ramachan ala10 ala10a.plb
Ze souboru ala10a.ram vydolovat data, zobrazit a srovnat s ideálním α-helixem

Lze zkusit delší peptid, jiné aminokyseliny, jiný protokol chlazení, či simulaci při konstantní teplotě (zvolené tak, aby docházelo ke konformačním změnám).  Případně je možno simulovat i ve vodě.