Pro 2D systém implementovaný v SIMOLANTu stanovte MSD a difuzivitu pro několik teplot a z Arrheniova diagramu vypočtěte aktivační energii. (<a href="../cz/pomucky/kolafa/simolantD.txt">Podrobný návod</a>)</td><td>4S</td></tr>

Základní metodologie simulací viz http://old.vscht.cz/fch/cz/pomucky/kolafa/pchem03.pdf

MSD v periodických okrajových podmínkách je nutno počítat tak, že algoritmus sleduje, ve kterém periodickém boxu se částice nachází. Pokud se neumí algoritmus rozhodnout, ohlásí chybu "Cannot follow the periodic boundary conditions".

1) Nastavení:
- menu → [Boundary conditions] → [Periodic]
- menu → [Method] → [Molecular dynamics NPT Berendsen]
- menu → [Show and measure] → [Volume convergence profile]
- simulation speed na maximum
- measurement block 10–30 (maximum 100 může vést k chybě "Cannot follow the periodic boundary conditions")

2) Výpočet:
- nastavte teplotu
- include → [Convergence prof.] (pod přepínačem CSV)
- stiskněte [record]
- spočtěte 10–30 bloků
- stiskněte [record] znovu a uložte
- otevřete simolant.csv a zobrazte sloupce MSDx a MSDy (případně jejich součet) jako funkci t
- stanovte směrnici b (v hustších systémech po vynechání začátku): MSD(t)=a+bt
- vypočtěte difuzivitu podle vzorce D=b/2 (v 1 dimenzi) resp D=b/4 (pro MSDx + MSDy)
- opakujte pro stejnou teplotu několikrát, abyste měli lepší statistiku

3) Zopakujte bod 2 pro jinou teplotu.

4) Nakreslete graf závislosti ln D na reciproké teplotě 1/T. Pro Arrheniovské chování je tento graf lineární. Nastane-li tento případ, určete aktivační energii difuze. Neapomeňte, že Boltzmannova konstanta je zde defiována jako 1.