2022-143-2

Modelování mechanických vlastností strukturních motivů RNA typu kissing-loop

Vedoucí práce: doc. Ing. Filip Lankaš, Ph.D.

Konzultant: -

Podstata a cíl práce

Motivy typu kissing loop (KL) jsou nehelikální strukturní motivy, které tvoří důležité stavební prvky složitějších struktur RNA. Vyskytují se jak v přírodních molekulách, tak i v umělých RNA nanostrukturách. Cílem práce je stanovit tvar a mechanické vlastnosti vybraných KL motivů pomocí počítačových simulací.

Náplň činnosti studenta

Student nejprve provede rozsáhlé simulace molekulové dynamiky vybraných KL motivů. Ty mu poslouží jako zdroj dat pro stanovení parametrů vhodného mechanického modelu., který bude dále zpřesňován na základě simulovaných dat. Student bude pracovat se software pro molekulovou dynamiku (Amber) a sám si vyvine analyzační nástroje ve formě skriptů v jazyce Python a Matlab.

Doplňující informace

Místo řešení: Ústav informatiky a chemie (143)

Téma je možné zvolit pro následující specializace