2024-143-6

Detekce kontaminací v sekvenačních datech

Vedoucí práce: Mgr. Michal Kolář, Ph.D.

Konzultant: Ing. Lucie Pfeiferová

Podstata a cíl práce

Při přípravě biologických materiálů a jejich následném zpracování dochází k nechtěným kontaminacím. Tyto kontaminace mohou vznikat již při získávání biologického materiálu, například zamořením buněčných kultur patogenními bakteriemi, při laboratorním zpracování tohoto materiálu, například kontaminací současně zpracovávanými vzorky, nebo přímo při sekvenaci, kdy mohou být sekvenátorem čteny různé adaptorové sekvence či jejich kombinace. Cílem práce je navržní vhodného postupu k detekci obecných kontaminant v sekvenačních datech, jeho implementace a zařazení do protokolů používaných v Servisní laboratoři funkční genomiky a bioinformatiky na ÚMG AVČR.

Náplň činnosti studenta

Rešerše dostupných řešení. Výběr vhodného řešení nebo návrh nového řešení. Implementace tohoto řešení a jeho otestování na reálných datech. Vytvoření modulu pro Nextflow.

Doplňující informace

Místo řešení: Ústav informatiky a chemie (143)

Téma je možné zvolit pro následující specializace