2024-143-7

Algoritmy pro prostorově rozlišenou transkriptomiku

Vedoucí práce: Mgr. Michal Kolář, Ph.D.

Konzultant: Kim Vučinić, MSc

Podstata a cíl práce

Prostorově rozlišená transkriptomika je nový podobor transkriptomiky, ve kterém se společně se stanovením exprese jednotlivých genů zjišťuje i přesné místo exprese mRNA ve vzorku. Prostorové rozlišení může podle použité technologie odpovídat ploše několika buněk při současném stanovení celogenomové genové exprese či určovat polohu jednotlivých molekul mRNA při současném stanovení exprese vybraného panelu genů. Skloubení získaných informací o expresi a prostorovém uspořádání buněk je v současné době velkou výzvou a bioinformatické postupy se teprve ustanovují. Cílem práce je spolupracovat s bioinformatiky Servisní laboratoře funkční genomiky a bioinformatiky na ÚMG AVČR na vývoji bioinformatických postupů pro analýzu těchto dat a implementace dílčích kroků integrativní pipeliny.

Náplň činnosti studenta

Rešerše dostupných řešení. Výběr vhodného řešení nebo návrh nového řešení. Implementace tohoto řešení a jeho otestování na reálných datech.

Doplňující informace

Místo řešení: Ústav informatiky a chemie (143)

Téma je možné zvolit pro následující specializace