Ústav
Ústav informatiky a chemie (143)
ID
2028-143-3
Vedoucí
prof. Daniel Svozil, Ph.D.
Konzultant
Toto téma povede Dr. Božena Klodová, která nastoupí na VŠCHT začátkem dubna 2027. Po jejím nástupu bude školitel změněn. S otázkami ohledně tématu ji můžete kontaktovat na klodova.bozena@gmail.com.
Aktuální studijní programy
B107-Bioinformatika a chemická informatika
Podstata a cíl práce
Aktivitu proteinů mohou ovlivňovat drobné chemické úpravy, například připojení fosfátové skupiny – fosforylace. Při experimentu však často získáme jen krátký úsek proteinu a potřebujeme zjistit, ke kterým proteinům patří a kde se úprava nachází. Student vytvoří interaktivní nástroj, který umožní toto místo vyhledat, porovnat mezi příbuznými proteiny a zobrazit v jejich 3D strukturách. Propojí tak analýzu sekvencí s vizualizací evolučních vztahů a struktur proteinů. Použití nástroje ukáže na proteinech zapojených do reakcí rostlin na stres.
Náplň činnosti studenta
-Provést rešerši dostupných nástrojů pro mapování a vizualizaci fosforylačních míst.
- získat věřejně dostupná data pro vývoj programu
-Implementovat načítání proteinových sekvencí ve formátu FASTA a zadávání fosfopeptidů nebo identifikátorů proteinů s pozicí místa..
-Propojit mapování s mnohočetným zarovnáním sekvencí a zobrazením fylogenetického stromu.
-Rozlišit přesnou shodu peptidu, zachování odpovídající aminokyseliny, její substituci a nejisté zarovnání.
-Zobrazit místa v 3D struktuře proteinu.
-Ověřit správnost výsledků na připravených příkladech a vytvořit dokumentaci.
- získat věřejně dostupná data pro vývoj programu
-Implementovat načítání proteinových sekvencí ve formátu FASTA a zadávání fosfopeptidů nebo identifikátorů proteinů s pozicí místa..
-Propojit mapování s mnohočetným zarovnáním sekvencí a zobrazením fylogenetického stromu.
-Rozlišit přesnou shodu peptidu, zachování odpovídající aminokyseliny, její substituci a nejisté zarovnání.
-Zobrazit místa v 3D struktuře proteinu.
-Ověřit správnost výsledků na připravených příkladech a vytvořit dokumentaci.