2026-143-1

Grafická reprezentace dlouhých párových zarovnání DNA nebo proteinových sekvencí

Vedoucí práce: Mgr. Jan Pačes, Ph.D.

Konzultant: -

Podstata a cíl práce

Párové zarovnání (alignment) je základní bioinformatická metoda, která je implementována celou řadou programů, mezi které patří například BLAST nebo FASTA. Výsledkem párového zarovnání je vlastní zarovnání a statistické hodnoty (bitscore) charakterizující kvalitu takového zarovnání (míru podobnosti). Pro dlouhá zarovnání však míra podobnosti není konstantní po celé délce. Pro lepší orientaci navrhněte vizualizaci nebo grafickou reprezentaci kvality zarovnání v pohyblivém okně. Jako vstupní data použijte standardních výstupů z programů BLAST a FASTA, program implementujte v pythonu jako open source.

Náplň činnosti studenta

Student se seznámí s široce využívanými algoritmy a programy pro párové zarovnání (alignment). Využije znalosti z programování k vytvoření praktického programu.

Doplňující informace

Místo řešení: Ústav informatiky a chemie (143)

Téma je možné zvolit pro následující specializace