2027-143-2

Aplikace Shape Matching a De Novo návrhu léčiv v praxi: Objevování nových léčiv pro obtížné cíle

Vedoucí práce: Dr. Martin Šícho

Konzultant: Ing. Jozef Fülöp, Prof. Andrea Brancale

Podstata a cíl práce

Tato bakalářská práce zkoumá možnost kombinace de novo návrhu léčiv a metody tvarového porovnávání (shape matchingu). De novo návrh léčiv algoritmicky generuje nové molekuly a řídí se při tom informacemi o cíli nebo ligandu, často s využitím hlubokého učení k efektivnímu prozkoumání rozsáhlého chemického prostoru. Vedle toho metoda tvarového porovnávání vyhodnocuje 3D molekulární podobnost za účelem identifikace kandidátů kompatibilních s vazebnými místy cíle, které však nemusí být známé, když jsou cílové struktury flexibilní nebo je jejich 3D uspořádání stanoveno s nízkým rozlišením (tj. např. intrinsicky neuspořádané proteiny (IDP), které postrádají rigidní struktury vazebných míst). Integrace těchto metod proto umožňuje generování a hodnocení nových, tvarově komplementárních sloučenin pro takové cíle. Cílem projektu bude vybrat potenciální cíl s těmito vlastnostmi od jednoho z našich spolupracovníků a validovat vyvinutý pracovní postup jeho aplikací na tento cíl.

Náplň činnosti studenta

- Provést hloubkovou rešerši literatury o de novo návrhu léčiv, porovnávání tvarů a specifických výzvách objevování léčiv, když cílová 3D struktura není k dispozici. - Vyvinout a implementovat výpočetní postup, který integruje de novo molekulární návrh s metodami porovnávání tvarů, přizpůsobený pro řešení vybraného cíle. - Provést výpočetní experimenty pro generování a hodnocení nových molekul.

Doplňující informace

Místo řešení: Ústav informatiky a chemie (143)

Téma je možné zvolit pro následující specializace