2027-143-3

Analytické a výpočetní metody pro prostorově rozlišenou transkriptomiku

Vedoucí práce: Michal Kolář, Ph.D.

Konzultant: Ing. Lucie Pfeiferová

Podstata a cíl práce

Prostorově rozlišená transkriptomika je nový směr transkriptomiky, který umožňuje současně se stanovením míry exprese genů určit i přesné umístění molekul mRNA ve vzorku. Prostorové rozlišení může, dle použité technologie, odpovídat ploše několika buněk při celogenomové analýze nebo určovat polohu jednotlivých molekul mRNA uvnitř buňky u panelu genů. Integrativní zpracování informací o genové expresi a prostorového uspořádání transkriptů představuje výzvu, pro kterou se v současnosti vyvíjejí vhodné bioinformatické nástroje. Cílem práce je ve spolupráci s bioinformatiky Laboratoře genomiky a bioinformatiky ÚMG AV ČR vyvíjet a testovat bioinformatické postupy pro analýzu dat prostorově rozlišené transkriptomiky a implementovat dílčí kroky integrativní analytické pipeline.

Náplň činnosti studenta

- Rešerše dostupných řešení a nástrojů pro analýzu prostorově rozlišené transkriptomiky. - Výběr vhodného nástroje nebo návrh nového přístupu. - Implementace a testování zvoleného řešení na reálných datech.

Doplňující informace

Místo řešení: Ústav informatiky a chemie (143)

Téma je možné zvolit pro následující specializace