2027-143-6

Funkční anotace lidského genomu u vzorků starodávné DNA (aDNA)

Vedoucí práce: Jan Pačes

Konzultant: Edvard Ehler

Podstata a cíl práce

Starodávná DNA se vyznačuje především svojí fragmentárností a specifickou degradací nukleotidových bází na konci DNA fragmentů. Díky postupujícím sekvenačních a izolačním technikám je k dispozici relativně velké množství sekvencí lidských genomů, které jsou následně použity jak v populačních, tak ve funkčních studiích. U vybraných vzorků, zejména těch, které nesou nějaké zjevné morfologické patologické znaky, nás zajímá také funkční anotace genomu s ohledem na patologické varianty. Tato bakalářská práce cílí na otestování dostupných nástrojů pro tuto anotační analýzu.

Náplň činnosti studenta

-Student vyhledá, provede rešerši a porovná existující postupy anotace lidských starodávných genomů - Na reálných vzorcích vyzkouší již publikované pipeliny a případně navrhne jejich úpravu nebo přizpůsobení. - Zpracuje (anotuje) soubor vzorků z ČR z období doby bronzové a železné. - Praktickým výsledkem potom bude soubor skriptů/pipeline, tedy vyzkoušené a popsané řešení daného problému, které bude následně použitelné na další soubory vzorků.

Doplňující informace

Místo řešení: Ústav informatiky a chemie (143)

Téma je možné zvolit pro následující specializace