2027-143-9

Rozšíření funkcí databáze starodávné mitochondriální DNA

Vedoucí práce: Jan Pačes

Konzultant: Edvard Ehler

Podstata a cíl práce

Databáze starodávné mitochondriální DNA (Ancient mtDNA database, amtdb.org) je jedním z hlavních otevřených zdrojů archeogenetických informací. Obsahuje kromě kompletních mitochondriálních sekvencí publikovaných lidských vzorků i bohatá metadata ze vzorků pocházejících z období paleolitu až do středověku. V rámci této vypsané bakalářské práce bude úkolem studenta zlepšit a zefektivnit chod AmtDB databáze, případně rozšířit funkce, které uživatelům nabízí.

Náplň činnosti studenta

Úkolem studenta bude zlepšit zobrazení a prezentaci vzorků v databázi, zaměří se na jednu či více z níže uvedených možností. Webová aplikace AmtDB je napsána za použití pythoní knihovny Django, a práce studenta bude zahrnovat, kromě bioinformatické části, i úpravu samotného kódu této aplikace: - zobrazení vzorků na mapových podkladech - efektivní zobrazení populační variability starodávné mitochondriální DNA na geografické mapě - přidání nových funkcí - počítání a zobrazení základních populačních analýz (PCA, MDS, genetické vzdálenosti, atd.) v uživatelem definovaných skupinách - prozkoumání možnosti přidání genomických dat (jaderné genomy) do databáze - přidávání vzorků do databáze - příprava nástrojů pro text-mining/data-mining již publikovaných článků a zjednodušení přidávání vzorků do databáze. Možnosti uživatelského přidávání vzorků.

Doplňující informace

Místo řešení: Ústav informatiky a chemie (143)

Téma je možné zvolit pro následující specializace