Kontaminující látka, která pronikne do systému zemina - podzemní voda - půdní vzduch vstupuje do celé řady zpravidla značně složitých fyzikálních, chemických a biochemických interakcí. Vedle biochemických přeměn jsou významné zejména takové pochody, jako například ředění kontaminantu nebo jeho vytěkávání. Některé z těchto dějů jsou velmi zjednodušeně znázorněny na Obr. 3-1 a 3-2. Saturovaná i nesaturovaná zóna v naprosté většině případů vykazují heterogenní charakter, který výrazně komplikuje jakoukoli snahu o popis transportu kontaminujících látek a jejich interakcí s horninovým prostředím. V této souvislosti obecně platí, že intenzita probíhajících dějů (zejména biochemických) je nejvyšší v povrchové vrstvě zeminy a směrem do hloubky klesá.