Počítačová chemie (B403011)

Evropský sociální fond „Praha & EU: Investujeme do vaší budoucnosti“

Inovace předmětu Počítačová chemie je podporována projektem CHEMnote (Inovace bakalářského studijního programu Chemie – moderní vzdělávání podpořené použitím notebooků – CZ.2.17/3.1.00/33248) v rámci Operačního programu PRAHA – ADAPTABILITA.

Pravidla získání zkoušky

Napsat písemný test (50 minut) na aspoň 50 %. Test obsahuje otázky (zpravidla s výběrem a), b), c)), výpočet na téma přípravy systému k simulaci a příklad na orientaci ve výstupu z programu Gaussian vč. jednoduchých výpočtů. První test se zpravidla píše poslední týden semestru.
Pokud z nějakých přiměřeně vážných důvodů nebudete tento test psát nebo pokud neuspějete, budou vypsány i další termíny, na které se přihlásíte individuálně (e‑mailem), nikoliv přes SIS.
Zpracovat projekt, napsat protokol a obhájit. Projekt, který budete řešit, si zapíšete zde. Zkontrolujte prosím, zda si nezapisujete projekt, který si už někdo vybral. Na obhajobu projektu („minikonferenci“) se přihlásíte přes SIS. První termín (s omezenou kapacitou) bude poslední týden semestru (po písemném testu).

Materiály

E-learning obsahuje videa a další materiály prof. Svozila
Původní odkaz na MS Streams kanál – patrně nefunkční, viz odkazy v posledním sloupci níže
Příručka Teoretické chemie (Šištík, Ončák, Slavíček)
Knihovna vstupních souborů pro Gaussian (Šištík, Ončák, Slavíček)
První víkend s linuxem (Michal H. Kolář) – užitečné, budete‑li svůj projekt zpracovávat na výpočetním klastru
SIMOLANT (výukový program pro MD a MC simulace)
Skripta k předmětu Molekulové modelování a simulace (pouze vybrané části):
tisk oboustranně / na obrazovku
Ukázka vypracovaného protokolu (Ivana Jurásková)
Jak na protokol a prezentaci

Přednášky k simulačnímu bloku

#	přednáška	tisk	videa přednášek \| errata
Q1	Kvantová chemie 1 (Petr Slavíček)		Úvodní slovo Cvičení – Gaussian
Q2	Kvantová chemie 2		Úvodní slovo Cvičení
Q3	Kvantová chemie 3		Úvodní slovo Korelační energie, báze
Q4	Kvantová chemie 4		Vibrační spektroskopie Transitní stavy Termodynamické veličiny Reakce v roztoku Excitované stavy
S1	Molekulární modelování a simulace (Jiří Kolafa)	1:10	Úvod, silové pole, výpočty
S2	MD, MC, analýza výsledků simulací - – — − ve Wordu	1:10	1: MD, MC 2: struktura, počítačový experiment 3: odhad statistických chyb Pokus: difrakce pomocí laserového ukazovátka
S3	Cvičení – 2D Clausiova–Clapeyronova rovnice	1:10	Úvodní slovo k cvičení Laboratorní deník k vyplnění
SX	Úvod do linuxu	1:10
S4	Cvičení – zonální tavba NaCl	1:10	Bod tání NaCl
S5	Cvičení – struktura vody okolo rozpuštěnce	1:10	Struktura vody kolem kulatého rozpuštěnce
S0	Shrnutí technických informací pro simulační úlohy v MACSIMUSu	1:10
B1	Bioinformatika 1: prezentace viz e-learning (Daniel Svozil)		Hierarchie teoretických metod
B2	Bioinformatika 2: prezentace viz e-learning		Databáze
B3	Bioinformatika 3: prezentace a PyMol skript viz e-learning		Pymol
D1	Databáze a odhadové metody (Michal Fulem)

Podrobné pokyny pro simulační úlohy

Pro šedivé úlohy není (zatím) k dispozici podrobný návod, ale pokud si úlohu vyberete a přijdete na konzultaci, o takový návod se zasloužíte.

Obecný návod pro MACSIMUS. Používáte-li nějaký svůj oblíbený simulační software, nemusíte se návody řídit.

Textové soubory jsou Windows-kompatibilní (CRLF) v kódování UTF-8. Pokud se nezobrazují správně, nutno v prohlížeči přepnout kódování. Po stažení do Windows by se měly zobrazit správně.

101 Bod varu NaCl
102 Clapeyronova rovnice / data
103 Rovnovážný tvar krystalu
104 Rayleighova nestabilita
105 Konstrukce silového pole
106 Bod tání ledů
107 Sbalování proteinů
108 Rozbalování proteinů
109 Kulová hvězdokupa
110 Chladniho obrazce
111 Elektroforéza / data
112 Struktura povrchového filmu
113 Rovnováha kapalina–pára / data
114 Klastry zlata / data
115 Simulovaná ničička
116 Koalescence kapek
117 Rozdíl tepelných kapacit
118 Kapka v elektrickém poli
119 Je 'Oumuamua mimozemský kosmický koráb?
120 Var modelu vody
121 Solanka a Debyeova-Hückeova teorie
122 Elektrospinning
123 2D kontaktní úhel
124 2D kapalina ve štěrbině
125 Kelvinova rovnice ve 2D

[ zpět na: bakaláři – magistři ] [ lokální menu: bakaláři – magistři ]