Molekulové modelování a simulace (English version)deadline warning

Pro předměty

Základní informace

Více

Přednášky a cvičení

V plné verzi pro předmět D403010, jinak jen vybrané části

#prezentacepro tisk (8:1)Videa přednášekDomácí úkol
0 Populární úvod simul00.8.pdf Populární úvod 45:47
1 Statistická termodynamika simul01.8.pdf Statistická termodynamika 42:19 [1] Vypočtené příklady 2 a 4 odevzdejte do 14.4.2020
2 Modely simul02.8.pdf Silové pole 38:45
Mřížkové modely 11:44
[2] Vypočtené příklady 5 a 6 odevzdejte do 20.4.2020
3 Molekulární dynamika; Verlet, základy mechaniky simul03.8.pdf MD I 28:43
MD II 13:16
[3] Naprogramujte MD harmonického oscilátoru dle zadání. Verzi si zapište na na Google Sheets. Odevzdejte do 25.04.2020
4 Gearovy metody, termostat v MD (bez Nosého-Hoovera) simul04.8.pdf MD: srovnání metod, termostaty 28:44 Vyzkoušejte si zachování energie a termostaty dle zadání a přednášky. Nemusíte nic odevzdávat, ale získané znalosti se vám budou hodit u zkoušky!
5 Monte Carlo, náhodná čísla simul05.8.pdf MC: integrace, Metropolis 38:08
náhodná čísla 16:37
[4] Vyberte si jeden ze tří úkolů, odevzdejte do 30.4.2020:
Buffonova jehla (aspoň 1000 hodů)
B2 LJ diatomiku
MC dusíku v gravitačním poli
6 Metodika simulace, chyby simul06.8.pdf Metodika simulace, chyby 47:59 [5] Vypočtené příklady 8 a 9 odevzdejte do 5.5.2020
7 Měření termodynamických veličin simul07.8.pdf Mechanické veličiny 22:18
Entropické veličiny 46:38
8 Strukturní veličiny simul08.8.pdf Radiální distribuční funkce 27:25
Entropické veličiny 16:38
9 Dosah potenciálu, Coulombovy síly simul09.8.pdf Dosah potenciálu, cutoff, korekce, Ewaldova sumace 16:38
10 Další soubory – MC simul10.8.pdf Fluktuace počtu částic, kompresibilita 16:45
Různé soubory; MC: NPT, μVT, reakční, Gibbsův 27:10
11 Další soubory – MD; Nosé-Hoover simul11.8.pdf NPT soubor v MD, Nosé–Hoover podruhé 11:10
12 Neboltzmannovské vzorkování, dynamika s vazbami, optimalizace simul12.8.pdf Metropolis–Hastings, MC molekul 31:40
SHAKE, optimalizace 24:47
13 Brownovská dynamika a DPD, kinetické veličiny, EMD vs. NEMD simul13.8.pdf Transportní jevy, Langevin, DPD 27:31
Kinetické veličiny v EMD a NEMD 18:23
1 Cvičení

[ zpět na: bakalářimagistři ]   [ lokální menu: bakalářimagistři ]