Molekulové modelování a simulace (English version)deadline warning

Pro předměty

Základní informace

Více

Přednášky a cvičení

Prezentace v plné verzi platí pro předmět D403010 (doktorandský)
Videa platí pro předmět M403002 (magisterský)

prezentacepro tisk (8:1)Videa přednášekDomácí úkol
Populární úvod simul00.10.pdf Populární úvod 45:47
Statistická termodynamika simul01.10.pdf Statistická termodynamika 42:19
Modely, silové pole simul02.10.pdf Silové pole 38:45
Mřížkové modely 11:44
DÚ př. 2: vibrace molekuly vody 6.57
[1] Vypočtený příklad 4 (tepelná vlnová délka) odevzdejte do 14.04.2022
Molekulární dynamika; Verlet, základy mechaniky simul03.10.pdf MD I 28:43
MD II 13:16
Gearovy metody, termostaty v MD simul04.10.pdf MD: srovnání metod, termostaty 28:44 Vyzkoušejte si zachování energie a termostaty dle zadání a přednášky. Nemusíte nic odevzdávat, ale získané znalosti se vám budou hodit u zkoušky!
Monte Carlo, náhodná čísla simul05.10.pdf MC: integrace, Metropolis 38:08
náhodná čísla 16:37
[2] Vypočtený příklad 6 odevzdejte do 02.05.2022
Metodika simulace, chyby simul06.10.pdf Metodika simulace, chyby 47:59
Měření termodynamických veličin simul07.10.pdf Mechanické veličiny 22:18
Entropické veličiny 46:38
Strukturní veličiny simul08.10.pdf Radiální distribuční funkce 27:25
Pokus: difrakce pomocí laserového ukazovátka 1:05
Strukturní faktor 16:38
[3] Vyberte si jeden ze tří úkolů, odevzdejte do 17.05.2022:
Buffonova jehla (aspoň 1000 hodů)
B2 LJ diatomiku (těžší příklad)
MC dusíku v gravitačním poli
Velikost systému, dosah potenciálu, Coulombovy síly simul09.10.pdf Dosah potenciálu, cutoff, korekce, Ewaldova sumace 16:38
Další soubory – MC simul10.10.pdf Fluktuace počtu částic, kompresibilita 16:45
Různé soubory; MC: NPT, μVT, reakční, Gibbsův 27:10
Další soubory – MD; Nosé-Hoover simul11.10.pdf NPT soubor v MD, Nosé–Hoover podruhé 11:10 ZRUŠENO: [4] Vypočtený příklad 10 odevzdejte do 22.05.2022
Neboltzmannovské vzorkování, dynamika s vazbami, optimalizace simul12.10.pdf Metropolis–Hastings, MC molekul 31:40
SHAKE, optimalizace 24:47
Brownovská dynamika a DPD, kinetické veličiny, EMD vs. NEMD simul13.10.pdf Transportní jevy, Langevin, DPD 27:31
Kinetické veličiny v EMD a NEMD 18:23

[ zpět na: bakalářimagistři ]   [ lokální menu: bakalářimagistři ]