Molekulové modelování a simulace (English version)

Pro předměty

• Statistická termodynamika, molekulové modelování a simulace M403002 / N403023
• Molekulární modelování a simulace P403001

Základní informace

• Hlavní stránka předmětu Statistická termodynamika, molekulové modelování a simulace
• Miniskripta (pokrývají 90 % druhé poloviny předmětu N403023 a 60 % předmětu D403010): tisk oboustranně / na obrazovku
• Konzultace poskytuji po předchozí dohodě (e-mail).
• Zápočet je udělen za:
  • Aktivní účast na cvičení a domácí úkoly. Úkoly budou zadávány a odevzdávány přes MS Teams. Vypracované příklady můžete odevzdávat ofocené (stačí mobilem) na papíře, v Maple, Excelu apod. Za každý den prodlení se odečítá jeden bod, za vrácení (a opravu) 10 bodů.
  • Zvládnutí jednoduché MC/MD simulace či statisticko-termodynamického výpočtu podle seznamu nebo úlohu číslo 101–126 (podrobné návody) případně nějaké jiné úlohy dle dohody. Protokol ze simulace musí být odevzdán 24 hodin před zkouškou. Posílejte prosím e-mailem.
• Zkouška se skládá z testů, obhajoby projektu a z volitelného ústního dozkoušení podle těchto požadavků (neprobrané části mohou být vynechány). Písemné testy jsou dva:
  1. Test ze statistické termodynamiky (A. Malijevský)
  2. Test z modelování, simulací a statistické termodynamiky: vzorový test – vzorový test s řešením
• Známka:
  • průměr = 0.5*(test 1)+0.3*(test 2)+0.1*(domácí úkoly)+0.1*(projekt)
  • M403002: další pravidla jsou stejná jako pro předmět M403016

Více

• SIMOLANT, volně stažitelný program pro výuku simulací
• Pokročilé metody molekulové dynamiky (P403005), doktorandský předmět

Přednášky a cvičení

Prezentace v plné verzi platí pro předmět D403010 (doktorandský), v magisterském kurzu jsou části vynechány.
Videa platí pro předmět M403002 (magisterský).

prezentace pro tisk (8:1) Videa přednášek / errata Domácí úkol Populární úvod simul00.10.pdf Populární úvod 45:47 Statistická termodynamika simul01.10.pdf Statistická termodynamika 42:19 Modely, silové pole simul02.10.pdf Silové pole 38:45 Mřížkové modely 11:44 Př. 2: vibrace molekuly vody 6.57 [1] Vypočtený příklad 4 (tepelná vlnová délka) odevzdejte do 05.04.2024. Molekulární dynamika; Verlet, základy mechaniky simul03.10.pdf MD I 28:43 MD II 13:16 Gearovy metody, termostaty v MD simul04.10.pdf MD: srovnání metod, termostaty 28:44 [2] Vyberte si integrátor dle podle zadání a zpracujte do 15.4.2024 Monte Carlo, náhodná čísla simul05.10.pdf MC: integrace, Metropolis 38:08 náhodná čísla 16:37 [3] Vyberte si jeden ze tří úkolů, odevzdejte do 28.04.2024: Vypočtěte π metodou Buffonovy jehly se standardní chybou lepší než ± 0.1. K tomu si nejprve odhadněte nutný počet hodů zajišťující tuto přesnost. Můžete házet fyzicky nebo si napsat program. Vypočtěte B2 LJ diatomiku vč. odhadu standardní chyby. Protože tento příklad je těžší, můžete dostat až 150 bodů. Simulujte metodou MC dusík v gravitačním poli a stanovte optimální velikost zkušebního posunutí. Metodika simulace, chyby simul06.10.pdf Metodika simulace, chyby 47:59 Měření termodynamických veličin simul07.10.pdf Mechanické veličiny 22:18 Entropické veličiny 46:38 Strukturní veličiny simul08.10.pdf Radiální distribuční funkce 27:25 Pokus: difrakce pomocí laserového ukazovátka 1:05 Strukturní faktor 16:38 Velikost systému, dosah potenciálu, Coulombovy síly simul09.10.pdf Dosah potenciálu, cutoff, korekce, Ewaldova sumace 16:38 Další soubory – MC simul10.10.pdf Fluktuace počtu částic, kompresibilita 16:45 Různé soubory; MC: NPT, μVT, reakční, Gibbsův 27:10 Další soubory – MD; Nosé-Hoover simul11.10.pdf NPT soubor v MD, Nosé–Hoover podruhé 11:10 [4] Vypočtený příklad 10 odevzdejte do XX.05.2024. Neboltzmannovské vzorkování, dynamika s vazbami, optimalizace simul12.10.pdf Metropolis–Hastings, MC molekul 31:40 SHAKE, optimalizace 24:47 Brownovská dynamika a DPD, kinetické veličiny, EMD vs. NEMD simul13.10.pdf Transportní jevy, Langevin, DPD 27:31 Kinetické veličiny v EMD a NEMD 18:23

[ zpět na: bakaláři – magistři ]   [ lokální menu: bakaláři – magistři ]