Molekulové modelování a simulace (English version)deadline warning

Pro předměty

Základní informace

Více

Přednášky a cvičení

Prezentace v plné verzi platí pro předmět D403010 (doktorandský), v magisterském kurzu jsou části vynechány.
Videa platí pro předmět M403002 (magisterský).

prezentacepro tisk (8:1)Videa přednášekDomácí úkol
Populární úvod simul00.10.pdf Populární úvod 45:47
Statistická termodynamika simul01.10.pdf Statistická termodynamika 42:19
Modely, silové pole simul02.10.pdf Silové pole 38:45
Mřížkové modely 11:44
Př. 2: vibrace molekuly vody 6.57
[1] Vypočtený příklad 4 (tepelná vlnová délka) odevzdejte do 16.04.2023.
Molekulární dynamika; Verlet, základy mechaniky simul03.10.pdf MD I 28:43
MD II 13:16
Gearovy metody, termostaty v MD simul04.10.pdf MD: srovnání metod, termostaty 28:44 Vyzkoušejte si zachování energie a termostaty dle zadání a přednášky. Nemusíte nic odevzdávat, ale získané znalosti se vám budou hodit u zkoušky!
Monte Carlo, náhodná čísla simul05.10.pdf MC: integrace, Metropolis 38:08
náhodná čísla 16:37
[2] Vypočtený příklad 6 odevzdejte do 30.04.2023.
Metodika simulace, chyby simul06.10.pdf Metodika simulace, chyby 47:59
Měření termodynamických veličin simul07.10.pdf Mechanické veličiny 22:18
Entropické veličiny 46:38
Strukturní veličiny simul08.10.pdf Radiální distribuční funkce 27:25
Pokus: difrakce pomocí laserového ukazovátka 1:05
Strukturní faktor 16:38
[3] Vyberte si jeden ze tří úkolů, odevzdejte do 07.05.2023:
  1. Vypočtěte π metodou Buffonovy jehly se standardní chybou lepší než ± 0.1. K tomu si nejprve odhadněte nutný počet hodů zajišťující tuto přesnost. Můžete házet fyzicky nebo si napsat program.
  2. Vypočtěte B2 LJ diatomiku vč. odhadu standardní chyby. Protože tento příklad je těžší, můžete dostat až 150 bodů.
  3. Simulujte metodou MC dusík v gravitačním poli a stanovte optimální velikost zkušebního posunutí.
Velikost systému, dosah potenciálu, Coulombovy síly simul09.10.pdf Dosah potenciálu, cutoff, korekce, Ewaldova sumace 16:38
Další soubory – MC simul10.10.pdf Fluktuace počtu částic, kompresibilita 16:45
Různé soubory; MC: NPT, μVT, reakční, Gibbsův 27:10
Další soubory – MD; Nosé-Hoover simul11.10.pdf NPT soubor v MD, Nosé–Hoover podruhé 11:10 [4] Vypočtený příklad 10 odevzdejte do 15.05.2023.
Neboltzmannovské vzorkování, dynamika s vazbami, optimalizace simul12.10.pdf Metropolis–Hastings, MC molekul 31:40
SHAKE, optimalizace 24:47
Brownovská dynamika a DPD, kinetické veličiny, EMD vs. NEMD simul13.10.pdf Transportní jevy, Langevin, DPD 27:31
Kinetické veličiny v EMD a NEMD 18:23

[ zpět na: bakalářimagistři ]   [ lokální menu: bakalářimagistři ]