Molekulové modelování a simulace (English version)

Pro předměty

• Statistická termodynamika, molekulové modelování a simulace M403002 / N403023
• Molekulární modelování a simulace D403010

Základní informace

• Hlavní stránka předmětu Statistická termodynamika, molekulové modelování a simulace
• Miniskripta (pokrývají 90 % druhé poloviny předmětu N403023 a 60 % předmětu D403010): tisk oboustranně / na obrazovku
• Zápočet je udělen za:
  • (LS 2019–2020) Aktivní účast na cvičení podle seznamu příkladů. Vypracované příklady můžete odevzdávat ofocené (stačí mobilem) na papíře, v Maple, Excelu apod. Máte-li problémy, konzultace poskytuji e-mailem či po předchozí dohodě e-mailem po Skypu, MS Teams apod.
  • Zvládnutí jednoduché MC/MD simulace či statisticko-termodynamického výpočtu podle seznamu nebo jiného podle dohody.
• Zkouška se skládá z testů a z volitelného ústního dozkoušení podle těchto požadavků (neprobrané části mohou být vynechány). Písemné testy jsou dva:
  1. Test ze statistické termodynamiky (A. Malijevský)
  2. Test z modelování, simulací a statistické termodynamiky: vzorový test – vzorový test s řešením
• Známka:
  • 0.5*(test 1)+0.3*(test 2)+0.1*(domácí úkoly)+0.1*(projekt)

Více

• SIMOLANT, volně stažitelný program pro výuku simulací

Přednášky a cvičení

V plné verzi pro předmět D403010, jinak jen vybrané části

# prezentace pro tisk (8:1) Videa přednášek Domácí úkol 0 Populární úvod simul00.8.pdf Populární úvod 45:47 1 Statistická termodynamika simul01.8.pdf Statistická termodynamika 42:19 [1] Vypočtené příklady 2 a 4 odevzdejte do 14.4.2020 2 Modely simul02.8.pdf Silové pole 38:45 Mřížkové modely 11:44 [2] Vypočtené příklady 5 a 6 odevzdejte do 20.4.2020 3 Molekulární dynamika; Verlet, základy mechaniky simul03.8.pdf MD I 28:43 MD II 13:16 [3] Naprogramujte MD harmonického oscilátoru dle zadání. Verzi si zapište na na Google Sheets. Odevzdejte do 25.04.2020 4 Gearovy metody, termostat v MD (bez Nosého-Hoovera) simul04.8.pdf MD: srovnání metod, termostaty 28:44 Vyzkoušejte si zachování energie a termostaty dle zadání a přednášky. Nemusíte nic odevzdávat, ale získané znalosti se vám budou hodit u zkoušky! 5 Monte Carlo, náhodná čísla simul05.8.pdf MC: integrace, Metropolis 38:08 náhodná čísla 16:37 [4] Vyberte si jeden ze tří úkolů, odevzdejte do 30.4.2020: Buffonova jehla (aspoň 1000 hodů) B2 LJ diatomiku MC dusíku v gravitačním poli 6 Metodika simulace, chyby simul06.8.pdf Metodika simulace, chyby 47:59 [5] Vypočtené příklady 8 a 9 odevzdejte do 5.5.2020 7 Měření termodynamických veličin simul07.8.pdf Mechanické veličiny 22:18 Entropické veličiny 46:38 8 Strukturní veličiny simul08.8.pdf Radiální distribuční funkce 27:25 Entropické veličiny 16:38 9 Dosah potenciálu, Coulombovy síly simul09.8.pdf Dosah potenciálu, cutoff, korekce, Ewaldova sumace 16:38 10 Další soubory – MC simul10.8.pdf Fluktuace počtu částic, kompresibilita 16:45 Různé soubory; MC: NPT, μVT, reakční, Gibbsův 27:10 11 Další soubory – MD; Nosé-Hoover simul11.8.pdf NPT soubor v MD, Nosé–Hoover podruhé 11:10 12 Neboltzmannovské vzorkování, dynamika s vazbami, optimalizace simul12.8.pdf Metropolis–Hastings, MC molekul 31:40 SHAKE, optimalizace 24:47 13 Brownovská dynamika a DPD, kinetické veličiny, EMD vs. NEMD simul13.8.pdf Transportní jevy, Langevin, DPD 27:31 Kinetické veličiny v EMD a NEMD 18:23 1 Cvičení

[ zpět na: bakaláři – magistři ]   [ lokální menu: bakaláři – magistři ]