Molekulové modelování a simulace (English version)

Pro předměty

• Statistická termodynamika, molekulové modelování a simulace M403002 / N403023
• Molekulární modelování a simulace D403010

Základní informace

• Hlavní stránka předmětu Statistická termodynamika, molekulové modelování a simulace
• Miniskripta (pokrývají 90 % druhé poloviny předmětu N403023 a 60 % předmětu D403010): tisk oboustranně / na obrazovku
• Konzultace poskytuji po předchozí dohodě (e-mail).
• Zápočet je udělen za:
  • Aktivní účast na cvičení a domácí úkoly. Úkoly budou zadávány a odevzdávány přes MS Teams. Vypracované příklady můžete odevzdávat ofocené (stačí mobilem) na papíře, v Maple, Excelu apod. Za každý den prodlení se odečítá jeden bod, za vrácení (a opravu) 10 bodů.
  • Zvládnutí jednoduché MC/MD simulace či statisticko-termodynamického výpočtu podle seznamu nebo úlohu číslo 101–126 (podrobné návody) případně nějaké jiné úlohy dle dohody. Protokol ze simulace musí být odevzdán 24 hodin před zkouškou. Posílejte prosím e-mailem.
• Zkouška se skládá z testů, obhajoby projektu a z volitelného ústního dozkoušení podle těchto požadavků (neprobrané části mohou být vynechány). Písemné testy jsou dva:
  1. Test ze statistické termodynamiky (A. Malijevský)
  2. Test z modelování, simulací a statistické termodynamiky: vzorový test – vzorový test s řešením
• Známka:
  • průměr = 0.5*(test 1)+0.3*(test 2)+0.1*(domácí úkoly)+0.1*(projekt)
  • M403002: další pravidla jsou stejná jako pro předmět M403016

Více

• SIMOLANT, volně stažitelný program pro výuku simulací
• Pokročilé metody molekulové dynamiky (P403005), doktorandský předmět

Přednášky a cvičení

Prezentace v plné verzi platí pro předmět D403010 (doktorandský)
Videa platí pro předmět M403002 (magisterský)

prezentace pro tisk (8:1) Videa přednášek Domácí úkol Populární úvod simul00.10.pdf Populární úvod 45:47 Statistická termodynamika simul01.10.pdf Statistická termodynamika 42:19 Modely, silové pole simul02.10.pdf Silové pole 38:45 Mřížkové modely 11:44 DÚ př. 2: vibrace molekuly vody 6.57 [1] Vypočtený příklad 4 (tepelná vlnová délka) odevzdejte do 14.04.2022 Molekulární dynamika; Verlet, základy mechaniky simul03.10.pdf MD I 28:43 MD II 13:16 Gearovy metody, termostaty v MD simul04.10.pdf MD: srovnání metod, termostaty 28:44 Vyzkoušejte si zachování energie a termostaty dle zadání a přednášky. Nemusíte nic odevzdávat, ale získané znalosti se vám budou hodit u zkoušky! Monte Carlo, náhodná čísla simul05.10.pdf MC: integrace, Metropolis 38:08 náhodná čísla 16:37 [2] Vypočtený příklad 6 odevzdejte do 02.05.2022 Metodika simulace, chyby simul06.10.pdf Metodika simulace, chyby 47:59 Měření termodynamických veličin simul07.10.pdf Mechanické veličiny 22:18 Entropické veličiny 46:38 Strukturní veličiny simul08.10.pdf Radiální distribuční funkce 27:25 Pokus: difrakce pomocí laserového ukazovátka 1:05 Strukturní faktor 16:38 [3] Vyberte si jeden ze tří úkolů, odevzdejte do 17.05.2022: Buffonova jehla (aspoň 1000 hodů) B2 LJ diatomiku (těžší příklad) MC dusíku v gravitačním poli Velikost systému, dosah potenciálu, Coulombovy síly simul09.10.pdf Dosah potenciálu, cutoff, korekce, Ewaldova sumace 16:38 Další soubory – MC simul10.10.pdf Fluktuace počtu částic, kompresibilita 16:45 Různé soubory; MC: NPT, μVT, reakční, Gibbsův 27:10 Další soubory – MD; Nosé-Hoover simul11.10.pdf NPT soubor v MD, Nosé–Hoover podruhé 11:10 ZRUŠENO: [4] Vypočtený příklad 10 odevzdejte do 22.05.2022 Neboltzmannovské vzorkování, dynamika s vazbami, optimalizace simul12.10.pdf Metropolis–Hastings, MC molekul 31:40 SHAKE, optimalizace 24:47 Brownovská dynamika a DPD, kinetické veličiny, EMD vs. NEMD simul13.10.pdf Transportní jevy, Langevin, DPD 27:31 Kinetické veličiny v EMD a NEMD 18:23

[ zpět na: bakaláři – magistři ]   [ lokální menu: bakaláři – magistři ]