| prezentace | pro tisk (10:1) | Videa přednášek / errata |
|---|
| Populární úvod |
simul00.10.pdf |
Populární úvod 45:47
|
| Statistická termodynamika |
simul01.10.pdf |
Statistická termodynamika 42:19
|
| Modely, silové pole |
simul02.10.pdf |
Silové pole 38:45
Mřížkové modely 11:44
Př. 2: vibrace molekuly vody 6.57
|
| + Molekulární dynamika; Verlet, základy mechaniky |
simul03.10.pdf |
MD I 28:43
MD II 13:16
|
| +Gearovy metody, termostaty v MD |
simul04.10.pdf |
MD: srovnání metod, termostaty 28:44
|
| Monte Carlo, náhodná čísla |
simul05.10.pdf |
MC: integrace, Metropolis 38:08
náhodná čísla 16:37
|
| Metodika simulace, chyby |
simul06.10.pdf |
Metodika simulace, chyby 47:59
|
| + Měření termodynamických veličin |
simul07.10.pdf |
Entropic quantities (metadynamics, histogram reweighting) (52:41)
|
| Strukturní veličiny |
simul08.10.pdf |
Radiální distribuční funkce 27:25
Pokus: difrakce pomocí laserového ukazovátka 1:05
Strukturní faktor 16:38
|
| Velikost systému, dosah potenciálu, Coulombovy síly |
simul09.10.pdf |
Dosah potenciálu, cutoff, korekce, Ewaldova sumace 16:38 |
| Další soubory – MC |
simul10.10.pdf |
Metropolis–Hastings, MC molekul 31:40
SHAKE, optimalizace 24:47
+ Fluctuations, finite-size effects (20:58)
+ MC in various ensembles (35:03)
|
| Další soubory – MD; Nosé-Hoover |
simul11.10.pdf |
NPT soubor v MD, Nosé–Hoover podruhé 11:10
|
| Neboltzmannovské vzorkování, dynamika s vazbami, optimalizace |
simul12.10.pdf |
Hastings algorithm, force-bias, preferential sampling (13:23)
|
| + Brownovská dynamika a DPD, kinetické veličiny, EMD vs. NEMD |
simul13.10.pdf |
Transportní jevy, Langevin, DPD (48:39)
Kinetické veličiny v EMD (teorie lineární odezvy, Green–Kubo) a NEMD (54:53)
|